La Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales cuenta con una normativa interna robusta, construida en un proceso de mejora continua para el cumplimiento de las normas internacionales de control interno, contabilidad, transparencia y rendición de cuentas.

FLACSO es un organismo que vela por el cumplimiento de los principios de respeto, inclusión, diversidad y no discriminación en el desarrollo de sus labores.

El organismo intergubernamental presenta anualmente sus reportes de resultados académicos, financieros y administrativos, y realiza una auditoría externa de todo el Sistema FLACSO. Estos reportes se hacen públicos una vez aprobados por los órganos de gobierno a través de sus respectivas resoluciones.