El Observatorio de Integración Regional Latinoamericana de la Secretaría General de la FLACSO se centra en seis temáticas principales:
1) Seguimiento a las Cumbres Presidenciales: Los encuentros periódicos de Jefes de Estados y de Gobiernos se han constituido en una expresión del multilateralismo. Esta diplomacia de cumbres se constituye en un espacio en el cual el liderazgo es asumido directamente por los mandatarios y mandatarias, quienes diseñan, crean e intervienen en foros, de mayor o menor amplitud en términos de sus participantes y de los temas que se abordan. Dado el nivel de quienes participan en ellas, las cumbres crean y definen la agenda subregional o levantan temáticas cruciales de la agenda internacional. El Observatorio de Integración Regional Latinoamericana da seguimiento a estas Cumbres, analizando sus principales resultados, destacando el posicionamiento de sus actores, y la incidencia del contexto y de la coyuntura, proveyendo los documentos que de ellas surjan y estudiando sus implicaciones en los procesos de integración regional.
2) Análisis de los Procesos de Integración Macro: Al analizar las propuestas de integración se verifica que todas ellas aspiran a alcanzar metas superiores que se fundamentan en la construcción de identidades compartidas y que deberían tender y confluir hacia importantes acuerdos de convergencia económica. En la práctica se constata una fragmentación de las propuestas en la región que han tendido a consolidarse en torno a dos grandes regiones: la América Latina del Norte, con la propuesta del Proyecto Mesoamérica (PM); y otra la América Latina del Sur, con la propuesta de la Unión Suramericana de Naciones (UNASUR). A estos dos grandes bloques se debe añadir el conjunto de propuestas planteadas por Venezuela, que tienen como uno de sus ejes a la Alternativa Bolivariana para América Latina y el Caribe (ALBA). Asimismo los 11 Estados ribereños en el Pacífico han constituido el Foro del Arco del Pacífico Latinoamericano. El Grupo de Río es la única instancia global para el conjunto de la región. Estos macro esquemas de integración regional constituyen uno de los ejes centrales del análisis del Observatorio de Integración Regional Latinoamericano.
3) Observancia de los conflictos que inhiben la cooperación: Los países latinoamericanos se han visto enfrentados en ocasiones a conflictos en la forma bilateral o de coaliciones, o dentro de los mismos esquemas de integración, lo que inhibe la cooperación y por tanto obstaculizan los avances en la integración, así como el consenso para poder construir una sola voz en la región y por tanto lograr un mayor peso en la agenda global. El Observatorio de Integración Latinoamericana se encuentra atento a estas situaciones y a sus consecuencias; buscará proveer ideas para limitar el conflicto y fomentar la cooperación.
4) Disputas y cooperación transfronteriza: Esta temática, muy ligada a la anterior, representa un espacio de particular importancia para la región y para el Observatorio de Integración Regional Latinoamericano dado que, si bien es cierto la principal percepción de amenaza entre los países de la región ha dejado de estar radicada en las disputas interestatales; las disputas territoriales, y en especial los diferendos limítrofes, no se han superado entre los países de la región. En la actualidad se ha pasado a una judicialización de los mismos en instancias como la Corte Internacional de Justicia. Las debilidades en términos de la solución de controversias se evidencian en los esquemas de integración. Por el otro lado, el carácter transnacional de las nuevas amenazas que aquejan a la región ha llevado a la necesidad de una estrecha cooperación fronteriza entre los países para poder combatir los diversos flagelos a los que se enfrentan. La cooperación corresponde a una fuerte tendencia en áreas de frontera. Ellas muestran una fuerte y persistente tendencia a la interdependencia. De allí que las tensiones y las asimetrías se expresan con gran fuerza en estas regiones las que poseen "sensibilidades" particulares. De estos factores se desprende la importancia que esta temática tiene para el Observatorio de Integración Regional Latinoamericano.
5) Vínculos extra regionales: Como parte de la globalización y de la importancia del establecimiento de una agenda global y de la necesidad de mayores relaciones con los distintos países y bloques del mundo, América Latina y el Caribe ha venido desarrollando importantes esfuerzos a nivel nacional, subregional y regional para vincularse con otras regiones. El Observatorio de Integración Regional Latinoamericano analiza y estudia, a la vez que da seguimiento a las relaciones que Latinoamericana desarrolla con la Unión Europea, Estados Unidos y Asia; tanto en las relaciones de cooperación como los conflictos y tensiones que se pueden producir. Además busca promover una mejor inserción internacional del conjunto de la región.
6) El contexto general político hemisférico: La región requiere reconstituir pactos sociales nacionales que le garanticen estabilidad y le permitan mejorar las oportunidades para la gobernabilidad democrática. Sin embargo, las fracturas y las polarizaciones presentes en la mayoría de los países dificultan la labor gubernamental y la posibilidad de generar las condiciones para ejercer los derechos ciudadanos y efectivizar una ciudadanía, tanto política como económica y social. En este marco, el Observatorio de Integración Regional Latinoamericano realiza un importante seguimiento a los procesos electorales que se darán en América Latina en el periodo 2009-2010; así como sus implicaciones en el desarrollo de los ejes temáticos antes mencionados, y en la agenda regional frente al escenario global. El resultado de estos procesos define el mapa político regional.