La Secretaría General de la FLACSO desarrolla un espacio dedicado a la integración latinoamericana y caribeña, temática cuyo análisis, debate y generación de conocimiento es constantemente promovido por la institución, por ser, la integración una herramienta para alcanzar metas políticas, económicas, sociales y culturales. Además es parte de la misión de la Facultad.  

La integración continúa siendo, ante todo, una aspiración fundamental de los gobiernos y los pueblos de la región. Producir avances requiere superar las diferencias de cada coyuntura particular. El proceso gradual de acercamientos y la cooperación creciente entre los Estados latinoamericanos y caribeños para crear nuevos vínculos y medidas de confianza permitirán, finalmente, llevar a buen puerto el proceso de integración regional como instrumento esencial para su desarrollo.  

La Secretaría General de la FLACSO está convencida de que una de las mejores formas para salir del escepticismo y pesimismo respecto a la integración regional es la generación de conocimiento y de masa crítica, de propuestas, sugerencias e informes sobre lo que acontece en este campo, y así proveer a los tomadores de decisión, los especialistas y los organismos e instituciones encargadas, de mejores conocimientos y herramientas para respaldar sus decisiones.

El mandato y misión de la FLACSO es realizar todas aquellas actividades académicas relacionadas con las Ciencias Sociales que conduzcan al desarrollo y la integración de los países latinoamericanos y caribeños. Consecuentemente la Secretaría General de FLACSO se propuso generar informaciones, conocimiento, espacios de debate y análisis, herramientas y metodologías, así como recomendaciones políticas que posibiliten superar los retos y desafíos que tienen por delante los esquemas de integración en América Latina y el Caribe.