Las actividades de investigación constituyen otro pilar fundamental de la labor institucional.

Es el origen de la producción de nuevos conocimientos sobre las sociedades latinoamericanas, los cuales son difundidos a través de las actividades de docencia, publicaciones y la organización y participación en eventos académicos de diverso tipo. 

En este apartado se presenta un resumen de las investigaciones que ha realizado la FLACSO en el 2008, las políticas de investigación, considerando las actividades que realiza cada unidad académica, así como la distribución temática de las investigaciones.